En la mitología griega, según algunas leyendas relatadas por el pseudo-Apolodoro, es el lugar donde Teseo hace escala después de haber matado al Minotauro. Allí abandona a Ariadna, hija del rey Minos, que es recogida al día siguiente por Dioniso, y llevada enseguida a Lemnos.

Naxos estuvo habitada antes del final del primer periodo cicládico (antes del2000 a. C.). Fue colonizada por los jonios en Época Arcaica. Rápidamente se hizo próspera.

En 338 a. C., es conquistada por los macedonios, y en 166 a. C. por los romanos.